ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ



ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΗ ΑΣΚΗΣΗ

ΔΙΑΔΙΚΤΥΟ (INTERNET) -

Η ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΣΤΟ ΔΙΑΔΙΚΤΥΟ -

HTML KAI ΙΣΤΟΣΕΛΙΔΕΣ



Θεόδ. Δ. Λιακόπουλος, Νίκος Χ. Παπανδρέου,

& Σταύρος Ι. Χαμόδρακας



Τομέας Βιολογίας Κυττάρου & Βιοφυσικής

Τμήμα Βιολογίας

Παν/μιο Αθηνών





Φεβρουάριος 2002





ΔΙΑΔΙΚΤΥΟ

Το Διαδίκτυο (Ιnternet) είναι ένα παγκόσμιο σύστημα από αλληλοσυνδεόμενα δίκτυα ηλεκτρονικών υπολογιστών, το οποίο επιτρέπει στο χρήστη την ανταλλαγή πληροφορίας με οποιοδήποτε άλλο υπολογιστή συμμετέχει σε αυτό. Το εγχείρημα ξεκίνησε το 1969 από το Advanced Research Projects Agency (ARPA) που ανήκει στην κυβέρνηση των Η.Π.Α. και στην αρχική του μορφή είχε ονομαστεί ARPANET. O στόχος ήταν η επικοινωνία και ανταλλαγή δεδομένων μεταξύ των υπολογιστών διαφόρων ερευνητικών ιδρυμάτων της χώρας. Ένα σημαντικό πλεονέκτημα του αρχικού σχεδιασμού ήταν το γεγονός ότι επειδή η πληροφορία μπορούσε να ακολουθεί παραπάνω από μία διαδρομές, ακόμη και σε καταστροφή ενός τμήματος του δικτύου από συμβάντα όπως μία στρατιωτική επίθεση, το δίκτυο θα εξακολουθούσε να λειτουργεί επιτυχώς.

Στις μέρες μας το Διαδίκτυο έχει εξαπλωθεί σε πολύ μεγάλο βαθμό, και ένα μεγάλο μέρος του παγκόσμιου πληθυσμού έχει πρόσβαση σ'αυτό. Η επικοινωνία μεταξύ των υπολογιστών καθίσταται δυνατή μέσω των τηλεπικοινωνιακών δικτύων και ειδικών συσκευών (προσαρμογείς δικτύου, modems, routers). Η πληροφορία μεταδίδεται με την εφαρμογή μιας σειράς από πρωτόκολλα (κανόνες) επικοινωνίας, που ονομάζονται συνολικά TCP/IP (Transmission Control Protocol/Internet Protocol).

Το περισσότερο χρησιμοποιούμενο τμήμα του Διαδικτύου είναι ο Παγκόσμιος Ιστός (World Wide Web - WWW), το οποίο στηρίζεται στο Hypertext Transfer Protocol (HTTP), ένα σύνολο συμβάσεων για την ανταλλαγή αρχείων (αρχεία κειμένου, εικόνας, πολυμέσων κ.τ.λ.). Μέσω του WWW ένας χρήστης μπορεί να έχει πρόσβαση σε εκατομμύρια σελίδες (web pages), οι οποίες παραπέμπουν η μια στην άλλη με συνδέσμους (links). Οι σελίδες συντάσσονται με τη γλώσσα HTML (HyperText Markup Language). Η πρόσβαση στο web είναι εφικτή με την χρήση ειδικών προγραμμάτων πλοήγησης (Web Browsers). Οι web browsers που επικρατούν είναι ο Netscape Navigator (Netscape) και ο Internet Explorer (Microsoft).







Η ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΣΤΟ ΔΙΑΔΙΚΤΥΟ

Σήμερα, ένα σημαντικό κομμάτι από όλους τους κλάδους της Βιολογίας σχετίζεται άμεσα με το Διαδίκτυο, εξαιτίας της παγκοσμιότητάς του και των τεράστιων δυνατοτήτων που προσφέρει για τη μετάδοση και διακίνηση της πληροφορίας. Με την εξέλιξη των βιολογικών επιστημών, η συσσώρευση της πληροφορίας είναι όλο και μεγαλύτερη, και η ανάγκη για παγκόσμια διακίνηση της όλο και πιο επιτακτική. Τελικά, είναι γεγονός πως ένα σημαντικό ποσοστό της χρήσης του διαδικτύου αφορα βιολογικές εφαρμογές.

Μερικές από τις κυριότερες εφαρμογές είναι οι εξής:

  • Πρόσβαση σε βάσεις δεδομένων βιολογικής πληροφορίας (ακολουθία και δομή βιομακρομορίων, πειραματικά δεδομένα, ταξινομική οργανισμών κ.τ.λ) - WWW.

  • Πρόσβαση στην πρωτότυπη βιβλιογραφία - WWW.

  • Ανταλλαγή πληροφορίας και απόψεων μεταξύ επιστημόνων, αλληλογραφία - Oμάδες συζητήσεων, ηλεκτρονικό ταχυδρομείο.

  • Τηλεδιασκέψεις.

  • Χρήση λογισμικού ανάλυσης και πρόγνωσης - WWW.

  • Πραγμάτωση μαθημάτων από απόσταση - WWW.

  • Ενημέρωση - Eνημερωτικές ιστοσελίδες, δικτυακές πύλες-portals, mailing lists.

  • Μεταφορά μεγάλου όγκου πληροφορίας όπως τα πειραματικά δεδομένα - FTP.

  • Τηλεεργασία - Telnet, SSH, X-Windows, Terminal Services κλπ.

    Αναλύονται εδώ η πρόσβαση στη βιβλιογραφία μέσω των σχετικών βάσεων δεδομένων, τα μαθήματα από απόσταση και η χρήση των ομάδων συζητήσεων.




    Α. Πρόσβαση στην πρωτότυπη βιβλιογραφία - βιβλιογραφικές βάσεις δεδομένων

    Η ενημέρωση γύρω από τις πρόσφατες εξελίξεις της επιστήμης αποτελεί ίσως τον σημαντικότερο παράγοντα προόδου της. Για το λόγο αυτό όλα τα συμπεράσματα της έρευνας δημοσιεύονται σε επιστημονικά περιοδικά ειδικού ενδιαφέροντος όπου ο ερευνητής μπορεί να ανατρέξει και να αποκτήσει την απαραίτητη για αυτόν γνώση. Πλέον όμως λόγω του τεράστιου όγκου πληροφορίας που διατίθεται σε συνάρτηση με τον ολοένα και αυξανόμενο αριθμό περιοδικών που εκδίδονται, η αναζήτηση ειδικών πληροφοριών δεν αποτελεί απλή υπόθεση που λύνεται με την επίσκεψη σε βιβλιοθήκες ερευνητικών ιδρυμάτων.

    Για το λόγο αυτό έχουν δημιουργηθεί από μη κερδοσκοπικούς οργανισμούς σε συνεργασία με εκδοτικούς οίκους τεράστιες τράπεζες δεδομένων όπου καταχωρούνται όλα τα επιστημονικά άρθρα προσφέροντας άμεση πρόσβαση μέσω του Διαδικτύου. Μία από τις γνωστότερες βάσεις για την αναζήτηση βιβλιογραφίας σε θέματα βιοϊατρικής έρευνας αποτελεί η βάση MEDLINE.

    Η πρόσβαση στη MEDLINE μπορεί να γίνει από το PUBMED, ένα σύστημα διαχείρησης που αναπτύχθηκε από το National Center for Biotechnology Information (NCBI) της Εθνικής Ιατρικής Βιβλιοθήκης (NLM) η οποία ανήκει στα Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας των ΗΠΑ (ΝΙΗ). Η MEDLINE περιέχει εγγραφές από περισσότερα από 4300 περιοδικά που ασχολούνται με βιολογικά και ιατρικά θέματα και εκδίδονται σε περισσότερες 70 χώρες. Τούτο έχει σαν αποτέλεσμα να περιέχονται στη βάση πάνω από 11 εκατομμύρια επιστημονικά άρθρα τα παλαιότερα των οποίων έχουν εκδοθεί στα μέσα της δεκαετίας του 60.

    Με επίσκεψη στις ιστοσελίδες του PUBMED, μπορεί ο χρήστης να ανακτήσει στοιχεία όπως ο τίτλος της εργασίας, το περιοδικό που εκδόθηκε, ημερομηνία και τεύχος έκδοσης αλλά και η περίληψη της εργασίας. Έτσι στη συνέχεια μπορεί να κάνει εύκολα αναζητήσεις στις βιβλιοθήκες που έχει πρόσβαση ώστε να αποκτήσει αντίγραφο με τα πλήρη στοιχεία της εργασίας που τον ενδιαφέρει. Σε αρκετές περιπτώσεις μάλιστα είναι δυνατή η ανάκτηση του πλήρους περιεχομένου του επιστημονικού άρθρου μιας και μπορεί να βρίσκεται σε ηλεκτρονική μορφή και ο εκδοτικός οίκος να προσφέρει ελεύθερη πρόσβαση.

    Στην Ελλάδα η σημαντικότερη προσπάθεια για ένα γενικό σύστημα δικτυακής πρόσβασης στη βιβλιογραφία, είναι το HEAL-Link (Hellenic Academic Libraries Link), ένας δικτυακός τόπος που διασυνδέει τις ηλεκτρονικές βιβλιοθήκες όλων των ελληνικών ανώτερων και ανώτατων εκπαιδευτικών ιδρυμάτων. Μπορεί με τον τρόπο αυτό να γίνει ενιαία αναζήτηση σε όλα τα περιοδικά. Σε πολλές περιπτώσεις χρήστες από κάποιο εκπαιδευτικό ίδρυμα μπορούν να έχουν πλήρη πρόσβαση σε περιοδικά στα οποία έχει συνδρομή κάποιο άλλο ίδρυμα που συμμετέχει στο δίκτυο αυτό. (Φυσικά αυτό δεν είναι εφικτό για κάποιον που χρησιμοποιεί το σύστημα εκτός εκπαιδευτικών ιδρυμάτων). Η διεύθυνση είναι:

    http://heal-l.physics.auth.gr/

    Πολλές σχετικές υπηρεσίες προσφέρει και το Εθνικό Κέντρο Τεκμηρίωσης, με έδρα το Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών. Κάποιες από αυτές είναι: ο συλλογικός κατάλογος περιοδικών, όπου μπορεί κάποιος να αναζητήσει ορισμένο περιοδικό (σε έντυπη μορφή) στις βιβλιοθήκες όλης της Ελλάδας, το αρχείο των ελληνικών διδακτορικών διατριβών, και αρκετές άλλες. Η διεύθυνση είναι:

    http://www.ekt.org.gr/




    Β. Μαθήματα από απόσταση - online courses

    Μέσα από την επίσκεψη στις ιστοσελίδες διαφόρων ερευνητικών ιδρυμάτων δίνεται η δυνατότητα παρακολούθησης και εκμάθησης βασικών αρχών διαφόρων γνωστικών αντικειμένων που εντάσσονται στο ευρύτερο πεδίο της Βιολογίας. Σε αρκετές περιπτώσεις μάλιστα, στα πλαίσια ασκήσεων που περιλαμβάνονται στα on-line μαθήματα ο χρήστης μπορεί 'δυναμικά' να εισάγει τα δεδομένα της άσκησης και να λάβει τα αποτελέσματα στην οθόνη του υπολογιστή του καθιστώντας έτσι την παρουσία του ανθρώπινου παράγοντα μη απαραίτητη για την επεξήγηση αρκετά δυσνόητων επιστημονικών όρων.




    Γ. Ανταλλαγή πληροφορίας και απόψεων μεταξύ των επιστημόνων μέσω των ομάδων συζήτησης (Νewsgroups)

    Στο διαδίκτυο υπάρχει μια πληθώρα ομάδων συζήτησης (newsgroups) οι οποίες αφορούν εξειδικευμένα πεδία της Βιολογίας. Μέσα από την επίσκεψη σε αυτές ένας ερευνητής μπορεί να υποβάλλει και να λάβει απαντήσεις για ζητήματα που αφορούν στην διεξαγωγή πειραμάτων (π.χ. τεχνικές Μοριακής Βιολογίας) από ερευνητές με εμπειρία στο αντίστοιχο γνωστικό αντικείμενο οι οποίοι πιθανά έχουν αντιμετωπίσει αντίστοιχα προβλήματα στο παρελθόν. Τέτοιου είδους ανταλλαγές γνώσεων και απόψεων προσφέρουν στην ταχεία εξέλιξη της επιστήμης ελαχιστοποιώντας τον χρόνο και τον κόπο για την διεκπεραίωση πειραματικών διεργασιών καθώς και την εξαγωγή χρήσιμων συμπερασμάτων.







    HTML KAI ΙΣΤΟΣΕΛΙΔΕΣ

    Βασικές έννοιες

    Η HTML (HyperText Markup Language - γλώσσα σήμανσης υπερ-κειμένου) είναι η παγκόσμια γλώσσα που χρησιμοποιείται για έκδοση υπερ-κειμένου στον Παγκόσμιο Ιστό (WorldWide Web). Υπερ-κείμενο (hypertext) είναι γενικά πληροφορία που, κατευθείαν από την οπτική της αναπαράσταση, μπορούμε να κατευθυνθούμε σε άλλη πληροφορία σχετική μ'αυτήν. Η HTML είναι βασισμένη στην SGML (Standard Generalized Markup Language - Πρότυπη Γενικευμένη Γλώσσα Σήμανσης, μία γλώσσα για τον ορισμό της δομής ηλεκτρονικών κειμένων σε ηλεκτρονική μορφή και τη διαχείρισή τους). Η δημιουργία και επεξεργασία της γίνεται με ποικιλία εργαλείων, από απλούς συντάκτες (editors) μέχρι εξειδικευμένα προγράμματα συγγραφής. Η HTML χρησιμοποιεί tags ("ετικέτες") όπως οι <h1>, </h1> για να δομήσει κείμενο σε επικεφαλίδες, παραγράφους, λίστες, συνδέσμους κτλ.

    Σύνδεσμοι

  • HyperText Markup Language Home Page

    http://www.w3.org/MarkUp/

  • HTML Writers Guild

    http://www.hwg.org/

  • Introduction toHTML

    http://www.cwru.edu/help/introHTML/toc.html

  • HTML: An Interactive Tutorial for Beginners

    http://www.davesite.com/webstation/html/

  • Κατάλογος μαθημάτων HTML στο web για αρχάριους

    http://directory.google.com/Top/Computers/Data_Formats/Markup_Languages/HTML/Tutorials/Beginners/

  • Πλήρης οδηγός HTML 4 στα ελληνικά

    http://www.it.uom.gr/project/html2/index.html

  • Συνοπτικός Οδηγός HTML στα ελληνικά

    http://www.it.uom.gr/project/htmlman/pages/index.htm

  • Οδηγός ΧML στα ελληνικά

    http://www.it.uom.gr/project/xml/Home%20Page.htm













    ΠΡΑΚΤΙΚΟ ΜΕΡΟΣ

    1. MEDLINE

    Για να κάνουμε αναζητήσεις στη βάση δεδομένων MEDLINE μέσα από το PUBMED, επισκεπτόμαστε τη σελίδα:

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/

    Στην σελίδα αυτή εμφανίζονται Σύνδεσμοι με γενικές πληροφορίες για την βάση καθώς και βασικές οδηγίες αναζήτησης.

    Για να κάνουμε μια απλή αναζήτηση στo PUBMED τα βήματα που ακολουθούμε είναι:

    1. Στο κενό Text Box που υπάρχει στην κορυφή της ιστοσελίδας και είναι της μορφής

    Search PubMed for ______________

    πληκτρολογούμε την λέξη-κλειδί για την οποία επιθυμούμε να ανακτήσουμε βιβλιογραφία και πατάμε το κουμπί Go.

    Στα πλαίσια της άσκησης θα δοκιμάσετε να κάνετε αναζήτηση με βάση την λέξη

    Lysozyme

    2. Τα αποτελέσματα της αναζήτησης εμφανίζονται σε νέα σελίδα ομαδοποιημένα.

    Προσπαθήστε να δείτε τι πληροφορίες μπορείτε να πάρετε από την αναζήτηση που δοκιμάσατε.

    3. Επιλέξτε στη συνέχεια ένα από τα άρθρα της λίστας που εμφανίζονται επιλέγοντας τον κατάλληλο σύνδεσμο.

    -Τι επιπλέον πληροφορίες λαμβάνετε;

    **Η αναζήτηση με τον παραπάνω τρόπο είναι πάρα πολύ γενική μιας και πραγματοποιείται σε όλα τα στοιχεία της εγγραφής.

    Τα βήματα που ακολουθούμε για να κάνουμε μια πιο εξειδικευμένη αναζήτηση είναι:

    1. Επιστρέφουμε στην κεντρική σελίδα της PUBMED και πατάμε το κουμπί Limits.

    2. Στην σελίδα που εμφανίζεται βλέπετε ότι σας δίνεται η δυνατότητα να θέσετε μια σειρά από περιορισμούς όπως:

    -Με βάση ποιο πεδίο της δημοσίευσης θέλετε να γίνει η αναζήτηση

    π.χ. ΤΙΤΛΟΣ

    -Τύπος δημοσίευσης

    π.χ. 'Aρθρο επισκόπησης (REVIEW)

    -Σε ποια βάση δεδομένων θέλετε να γίνει η αναζήτηση

    π.χ. MEDLINE.

    -Τα χρονικά όρια μέσα στα οποία δημοσιεύτηκαν τα επιστημονικά άρθρα.

    π.χ. 'Aρθρα που δημοσιεύτηκαν τα τελευταία 5 χρόνια.

    3. Στη συνέχεια δοκιμάστε να κάνετε αναζητήσεις χρησιμοποιώντας την ίδια λέξη-κλειδί (Lysozyme) θέτοντας περιορισμούς όπως:

    α. Αναζήτηση μόνο στη βάση MEDLINE.

    β. Η αναζήτηση να περιορίζεται μόνο στον τίτλο του άρθρου.

    γ. Να βρεθεί σχετική βιβλιογραφία μόνο των τελευταίων 5 ετών.

    -Τι διαφορές παρατηρείτε σε σχέση με τις προηγούμενες αναζητήσεις σας;













    2. HTML

    1. Δείτε το παράδειγμα κώδικα HTML μιας πολύ απλοϊκής ιστοσελίδας (Παράρτημα 1), καθώς και την απεικόνισή της σε έναν web browser (Παράρτημα 2).

    2. Χρησιμοποιείστε ένα συντάκτη κειμένου για να γράψετε κώδικα για μια καινούργια σελίδα με περιεχόμενο που σας ενδιαφέρει. Θα πρέπει να περιέχει:

  • Τουλάχιστον όλα τα tags του παραδείγματος.

  • Εικόνες από άλλες ιστοσελίδες στο διαδίκτυο.

  • Συνδέσμους σε άλλες ιστοσελίδες στο διαδίκτυο.

    ('Aλλες ιστοσελίδες μπορείτε να βρείτε χρησιμοποιώντας μια μηχανή αναζήτησης).

    3. Σώστε τον κώδικα σε ένα αρχείο με κατάληξη .html.

    4. Δείτε το αρχείο αυτό με τον Internet Explorer.

    5. Κάνετε τις τυχόν αλλαγές/διορθώσεις στο αρχείο, και επαναλαμβάνετε απο το βήμα 2.

    Για βοήθεια στη σύνταξη των tags, μπορείτε να ανατρέξετε στη σελίδα:

    http://www.it.uom.gr/project/html2/index.html













    ΠΑΡΑΡΤΗΜΑ 1













    ΠΑΡΑΡΤΗΜΑ 2